Para el desempeño de sus funciones, la CNECC cuenta con un Consejo Rector y una Unidad Técnica, quienes conforman los niveles de dirección. La constitución y funcionamiento de estos niveles de dirección están determinados por el Decreto No. 101-05 que crea la CNECC y por el Decreto No. 310-05 que establece su Reglamento Interno. Igualmente cuenta con una Gerencia Técnica o de Implementación, que impulsa y coordina el trabajo operativo de seguimiento y ejecución en el día a día, con las instituciones que reportan responsabilidades ante la CNECC e igualmente suministran insumos técnicos que permitan a los niveles de dirección trazar las políticas destinadas a fomentar la transparencia en la administración pública.

La designación de los miembros de la CNECC es honorífica y no reciben ningún tipo de salario, dieta, compensación o incentivo.